Érigée au même emplacement que la précédente, sa construction démarre en 1765.
Le gros oeuvre est terminé dans les délais en décembre 1767. Le tracé de cet édifice est établi par Franque, un architecte chevronné. Le plan de cette église, ayant la forme d'une croix grecque, est inédit en France. Seules certaines églises de Rome auraient un plan approchant. L'église Saint Thomas est inscrite aux monuments historiques depuis 1934.
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